Škola vznikla v roce 1990 jako reakce na vysoký počet žáků se speciálními vzdělávacími potřebami v Opavě, který nebyla schopna zvládnout tehdy jediná zvláštní škola ve Dvořákových sadech. Zvláštní škola na Nám. Slezského odboje dostala do vínku hlavní budovu a menší tělocvičnu s cvičnou kuchyní na Nám. Slezského odboje 5.
Zařízení pro vzdělávání dětí s mentálním postižením začalo pracovat ve třinácti třídách, v jedné žáci pracovali podle vzdělávacího programu pomocné školy, ostatní žáci byli vzdělávání podle osnov zvláštní školy. Součástí školy byla hned od počátku její činnost i školní družina. Zajímavý byl počet žáků a zaměstnanců školy při jejím vzniku. O 156 žáků pečovalo 21 pedagogů a provoz zajišťoval školník a dvě uklízečky. Zřizovatelem školy byl tehdejší školský úřad Opava. Škola se snažila od počátku své existence zachytit nové trendy ve vývoji pedagogiky pro žáky vyžadující speciálně pedagogickou péči. Také proto od začátku školního roku 1993-1994 byly otevřeny tři třídy pomocné školy a experimentálně byl zřízen přípravný stupeň pro děti, které ještě nebyly schopny nastoupit k plnění povinné školní docházky. Otevření tříd pomocné školy bylo vlastně pozváním do školy dětem, které se, pro své vážné postižení, před tím nemohly začlenit do vzdělávání poskytovaného jejich šťastnějším vrstevníkům. V roce 2000 začala jedna třída ověřovat rehabilitační vzdělávací program určený dětem s vážným postižením. Od roku 1994 bylo škole přiděleno pracoviště – dvoutřídní škola v Deštné. Odloučené pracoviště zaniklo v roce 2005 pro nedostatečný počet žáků. Pro děti předškolního věku, u nichž bylo diagnostikováno postižení, byla otevřena třída přípravného stupně základní školy speciální.
1.9.2011 byla otevřena jedna třídu střední školy v oboru Praktická škola jednoletá. Bylo tak vyslyšeno přání rodičů dětí, které, zpravidla po ukončení povinné školní docházky v základní škole speciální, neměly z různých důvodů možnost podat přihlášku k dalšímu vzdělávání ve školách mimo Opavu.
V roce 1994 bylo při škole založeno Speciálně pedagogické centrum Srdce, které mělo za úkol poskytovat poradenské služby dětem, žákům a studentům s mentálním postižením. Klienti z opavského regionu našli tým složený z psychologa, speciálních pedagogů a sociální pracovnice. V roce 2006 se stali klienty SPC i děti a žáci s tělesným postižením, jimž jsou dodnes poskytovány služby v regionu Opavska a Bruntálska.
V devadesátých letech přešla škola k právní subjektivitě. Významným bodem v historii školy byl také rok 2001, kdy zařízení převzal, coby zřizovatel, Moravskoslezský kraj.
Zřizovatel rozhodl, že od 1.1.2015 budou sloučeny příspěvkové organizace Základní škola a Praktická škola, Opava, Slezského odboje 5, příspěvková organizace a Základní škola, Opava, Dvořákovy sady 4, příspěvková organizace. Nástupnickou organizací byla ustanovena Základní škola a Praktická škola, Opava, Slezského odboje 5, příspěvková organizace.
